En el año 1640 una revolución barre a los españoles y trae al trono a Juan IV, el duque de Braganza, nieto de Catalina. En 1662 el rey Carlos II se casa con la hija de Juan, Catalina de Braganza. Ella trae una gran dote, incluyendo Bombay. A cambio Inglaterra apoya a Portugal contra la hostilidad permanente de España y finalmente acepta la independencia de Portugal en 1668.
Es imposible para Portugal, evitar verse envuelto en dos guerras europeas, la Guerra de Sucesión Española y la Guerra de los Siete Años. Pero el siglo 18 es una época de prosperidad, esto en parte se deriva de la riqueza de Brasil, donde el oro se encuentra en grandes cantidades en 1693 y los diamantes en 1728.
La influencia de Inglaterra en el país continúa creciendo, especialmente después de el Tratado de Methuen de 1703 que establece las condiciones ventajosas para el comercio. Portugal está de acuerdo para importar todos sus productos de lana procedentes de Gran Bretaña. Inglaterra pone menos impuestos de importación de los vinos portugueses que los franceses.
Lisboa en el año 1755 sufre un terrible terremoto. El hombre que reconstruye la ciudad, con una eficiencia despiadada, es recompensado con el cargo de primer ministro y un nuevo título como el marqués de Pombal. En los restantes veinte años del reinado de José las reformas de Pombal tienen consonancia con la moda contemporánea de despotismo ilustrado. Hija de José, María I, libera a los presos políticos de Portugal e investiga a Pombal por abuso de sus poderes. Declarado culpable, es desterrado de Lisboa y murió pacíficamente en su finca de Pombal en 1782.
Después de un inicio contundente a su reinado, María sufre una serie de golpes debilitantes. La muerte de su esposo en 1786 es seguida en 1788 por la de su hijo mayor. Estas tragedias hacen caer a la reina en una depresión severa. Al año siguiente comienza la Revolución Francesa. Las indignidades realizadas a la familia real en Francia, empeora el estado mental de María.
En 1792, incluso antes de la ejecución de Luis XVI, es considerada no apta para desempeñar sus tareas. Su hijo mayor, el futuro Juan VI se convierte en 1799 en el príncipe regente oficial. En 1793 Portugal se une a la alianza de las monarquías de Europa para declarar la guerra contra el regicidio de la república francesa.
En el otoño de 1807, Napoleón movió tropas francesas por España para invadir Portugal. De 1807 a 1811, las fuerzas anglo-portuguesas ganaron exitosamente la lucha contra la invasión francesa de Portugal, mientras que la familia real y la nobleza portuguesa, incluyendo a María I, se trasladaron a territorio portugués de Brasil, en ese momento una colonia del imperio portugués, en América del Sur.
